Je to trochu jako téma pro IT pohádku o tom, jak se spousta malých počítačů dala dohromady, aby pomáhaly vědcům v boji proti zlému viru, a protože jich bylo mnoho a táhly za jeden provaz, byly nakonec více než 10x silnější než ten nejsilnější počítač na světě.
Pokud vás pohádky nezajímají, pak vězte, že výpočetní grid Folding@Home překonal výkonovou hranici jeden exaFLOP.
Thanks to our AMAZING community, we’ve crossed the exaFLOP barrier! That’s over a 1,000,000,000,000,000,000 operations per second, making us ~10x faster than the IBM Summit! https://t.co/mPMnb4xdH3
To znamená, že dokáže udělat více než 1 000 000 000 000 000 000 výpočetních operací za sekundu.
Součástí této výpočetní síly jsou i počítače našich čtenářů, kteří se připojili k týmu TechnetCZ, číslo 236157. Společně naše počítače (k datu vzniku článku) odevzdaly 19 743 zpracovaných pracovních jednotek a dosáhly tak skóre 189 179 755. Tím se v celosvětovém pořadí umístily na 643. místě (což od 20. března znamená vylepšení o 713 míst). Díky moc, skvělá práce!
Máte-li, milí čtenáři, slušný počítač s volným výkonem a chuť pomoci, budeme rádi, když se k nám připojíte. Samozřejmě, pokud vaše stroje již počítají pro jiný tým, není důvod to měnit - mezi významné patří zejména tradiční Czech National Team na 111. příčce (česká jednička, v oblasti gridových výpočtů se pohybují od roku 2009) a tým kolegů Zive.cz na 785. místě statistické tabulky.
Folding@Home na Acer ConceptD 500
V plném nasazení je stále i Acer ConceptD 500 s procesorem Intel Core i9-9900K a grafickou kartou Nvidia Quadro RTX 4000, na kterém jsme tým TechnetCZ odstartovali. Během výpočtů již spotřeboval bezmála 100 kWh elektrické energie a odevzdal výsledky 2 007 pracovních jednotek.
Co se počítá?
Největší potíže koronavirus způsobí ve chvíli, kdy se dostane do plic. Účinný lék by tak měl zabránit virovému proteinu uchytit se na hostitelské plicní buňce. Virus však není statický objekt, naopak je v neustálém velmi neuspořádaném pohybu a s tím se mění i tvar proteinu. Vědci proto potřebují nasimulovat obrovské množství variant vazby proteinu na receptor, aby mohli optimalizovat účinnou látku vznikajícího léku. Víc a podrobněji se o tom dočtete na stránce projektu zde (v angličtině).
Stanfordská univerzita vědcům nabídla výpočetní výkon svého projektu Folding@Home, který je využíván vývojovými týmy pro výpočty a simulace při výzkumu léčebných látek na léčbu rakoviny, Alzheimerovy, Parkinsonovy a Huntingtonovy choroby. Projekt tak nyní již více než měsíc slouží i pro výzkum viru SARS-CoV-2.
Projekt Folding@Home je již devatenáct let fungující výpočetní grid tvořený obrovským množstvím klasických domácích počítačů. Instalací speciálního programu uživatel umožní vědcům použít výpočetní výkon jejich procesoru nebo grafické karty – software z řídicího serveru přijme „zakázku“, tu zpracuje a na server pošle zpět výsledek. A takto stále dokola. Jednotlivé úlohy zpravidla stroji zaberou jednotky nebo desítky hodin.
Proč se občas nepočítá?
V některých chvílích se stává, že počítač nějakou dobu nepočítá nic nebo pracuje na jiných projektech, než je analýza SARS-CoV-2. V prvním případě je to proto, že řídící servery nestíhají rozdělovat práci mezi počítače, ve druhém proto, že k tomuto projektu nejsou k dispozici žádné pracovní jednotky.
Správci Folding@Home řídící infrastrukturu stále posilují, nabídka pomoci je ale veliká. Není to však důvod se nepřidat, práce je obrovské množství pro všechny. Obnovení práce někdy urychlí vypnutí a zapnutí klienta F@H, čímž se vynuluje „odkladný interval“ žádání o práci.
Chybějící pracovní jednotky znamenají, že vědci nestihli vygenerovat novou dávku úkolů – a opět platí, že to dělají nejrychleji, jak mohou. To, že počítač pracuje i na jiných projektech, ale určitě není marně vynaložený výkon – výzkum související s rakovinou, Alzheimerovou, Huntingtonovou nebo Parkinsonovou chorobou má smysl.
Aktualizace 14:45 - Doplněny informace o dalších českých týmech.
