Kocijančič stál na čele lyžiarskeho zväzu Slovinska (1974-1984) a Juhoslávie (1984-1988), od roku 1981 bol členom výkonného výboru Medzinárodnej lyžiarskej federácie, v roku 2010 ho zvolili za jej viceprezidenta. V rokoch 1991-2014 bol prezidentom Slovinského olympijského výboru (OKS).
EOV šéfoval od roku 2017, stal sa v poradí ôsmym prezidentom Európskych olympijských výborov.
Slovinský funkcionár mal veľmi blízky vzťah k Slovensku a medzi Slovákmi veľa priateľov. Vlani v októbri odovzdal bývalému prezidentovi Slovenského olympijského výboru (SOV) a dnes čestnému prezidentovi Slovenského olympijského a športového výboru (SOŠV) Františkovi Chmelárovi najvyššie vyznamenanie EOV – EOC Order of Merit. S Chmelárom úzko spolupracoval vo výkonnom výbore EOV, rovnako v uplynulých rokoch s Jozefom Libom.
SOŠV prijal správu o úmrtí Kocijančiča s hlbokým zármutkom. "Európske olympijské hnutie utrpelo veľkú stratu. Janez Kocijančič zanechal nezmazateľnú stopu v športe v bývalej Juhoslávii, neskôr v Slovinsku i celej Európe. Správu o jeho úmrtí sme prijali s veľkým zármutkom. Smútime a súcitíme s celou jeho rodinou, ktorej vyjadrujeme sústrasť, i so slovinskými športovými priateľmi," uviedol pre web olympic.sk generálny sekretár SOŠV a člen výkonného výboru EOV Jozef Liba.
Kocijančič od novembra 2017 vo funkcii prezidenta EOV dohliadal aj na úspešné zorganizovanie vlaňajších II. Európskych hier v Minsku i Európskych olympijských festivalov mládeže 2019 v Baku a Sarajeve. Pred pár týždňami napísal prezidentovi SOŠV Antonovi Siekelovi i primátorovi Banskej Bystrice Jánovi Noskovi list, v ktorom ocenil, že v náročných časoch koronakrízy Slovensko nevzdalo prípravy EYOF. Ten sa uskutoční v lete 2022.
Okrem prezidentovania v EOV bol viceprezidentom Asociácie národných olympijských výborov (ANOC) pre Európu. "V mene Slovinskej republiky i svojom vyjadrujem sústrasť rodine zosnulého Janeza Kocijančiča, významnej osobnosti slovinského politického a športového života," uviedol na sociálnej sieti Twitter slovinský prezident Borut Pahor.
